Il coralligeno è un ecosistema fragile, minacciato dai cambiamenti climatici, dalla distruzione meccanica e dalla modificazione dei parametri fisici e chimici delle acque. I cambiamenti climatici influenzano la capacità di alcuni organismi di calcificare, riducendo il potenziale di crescita e di riproduzione. Un aumento delle temperature è sufficiente a causare lo sbiancamento (bleaching) dei coralli e di conseguenza un’alterazione degli ecosistemi sommersi, comportando una drastica riduzione della resilienza delle comunità colpite. L’abbassamento del valore del ph delle acque marine comporta la riduzione dei tassi di crescita/rigenerazione dei popolamenti del coralligeno.

Un innalzamento della temperatura per periodi prolungati al di sotto del termoclino può causare la morte di organismi stenotermi sia direttamente sia favorendo il proliferare di patogeni, morie su grandi scale di antozoi e alghe coralline. L’incremento di temperatura può favorire l’insorgere di fenomeni come lo sviluppo di mucillagini planctoniche e bentoniche che vanno a coprire tutti gli organismi sessili causandone la morte. Gli effetti negativi sull’habitat coralligeno si possono qui di seguito sintetizzare: sbiancamento (bleaching) e necrosi dovuti a fenomeni correlati al global changing (aumento della temperatura e acidificazione), moria effetti negativi sull’habitat coralligeno si possono qui di seguito sintetizzare: sbiancamento (bleaching) e necrosi dovuti a fenomeni correlati al global changing (aumento della temperatura e acidificazione), moria   di colonie/individui per soffocamento dovuto a specie invasive termofile e per l’azione diretta ed indiretta delle attività umane (pesca, eutrofizzazione, torbidità e sedimentazione